Nevyriausybinių organizacijų fondo sekretoriatas teikia techninę pagalbą Lietuvos Respublikos finansų ministerijai (NVO fondo tarpinei institucijai) įgyvendinant Nevyriausybinių organizacijų fondą bei užtikrinant sklandų NVO fondo lėšų panaudojimą.
Gebėjimų stiprinimo fondo ir Bendradarbiavimo fondo sekretoriatas teikia techninę pagalbą Lietuvos Respublikos Vidaus reikalų ministerijai, įgyvendinant subsidijų schemas "Vietinės ir regioninės valdžios bei jos institucijų administracinių ir viešųjų paslaugų teikimo gebėjimų stiprinimas" ir "Patirties perdavimo ir bendradarbiavimo ryšių tarp vietinio, regioninio ir euroregioninio lygio partnerių Lietuvoje ir Norvegijoje stiprinimas".
Sekretoriatai atlieka šias funkcijas:
- Organizuoja kvietimus teikti paraiškas fondų paramai gauti (Rengia su kvietimais ir projektų įgyvendinimu susijusius dokumentus; Vykdo viešinimo kompaniją, organizuoja mokymus potencialiems pareiškėjams juos konsultuoja);
- Organizuoja ir vykdo paraiškų vertinimą (Registruoja pateiktas paraiškas ir vadovauja visam paraiškų teikimo procesui; Atlieka projektų administracinės atitikties ir tinkamumo gauti paramą vertinimą; Sudaro tikslingumo finansuoti vertinimo komisiją, koordinuoja jos darbą, rengia vertinimo ataskaitą);
- Organizuoja projekto įgyvendinimo sutarčių sudarymą (Informuoja paramos gavėjus apie projekto įgyvendinimui rengiamą sutartį ir sutarties sąlygas; Rengia sutarties projektą; Teikia dokumentus sutarties šalims pasirašyti);
- Teikia techninę pagalbą administruojant įgyvendinamus projektus (Konsultuoja paramos gavėjus projektų įgyvendinimo klausimais, vykdo projektų patikrą vietoje, tvirtina paramos gavėjų ataskaitas ir mokėjimų prašymus; Renka finansinę ir statistinę informaciją bei rengia ataskaitas apie projektų įgyvendinimą);
- Vykdo informacijos sklaidą.